Bažnyčios moka mokesčius nuo lėšų, gaunamų už ūkinę veiklą, kaip ir visi juridniai asmenys Lietuvoje. Pagal Lietuvos Respublikos ir Šventojo Sosto susitarimą, aukos ir lėšos, skirtos sielovadiniams tikslams, valstybiniais (pvz. PVM, pajamų) mokesčiais neapmokestinamos.